Jo. Existuje hafo metod jak s tím zacházet. Na ebay můžeš koupit přímo Atmegy8 s nahraným bootloadrem. Ty pak vrzneš přímo do svého zapojení a flešneš to tam. Nebo si to odladíš na arduinu a pak flašneš ten hex normálním programátorem do jakéhokoliv jiného čipu. Já to rozchodil pro attiny.
http://choze.aspone.cz/attinyarduino.aspx Soft napíšu v adruinu a pak to flašnu avrstudiem. Nebo prostě vyndáš ten čip z arduina a použiješ ho ve svojem zapojení. Pak si musíš koupit nový s bootloaderem, nebo si ho tam můžeš flašnout sám.